Zespół rozpoczął profesjonalną działalność artystyczną w 1953 roku pod kierunkiem Zbigniewa Soi. Kolejnymi kierownikami byli: Roman Kuklewicz (1955-71), Józef Bok (1971-74), Antoni Szaliński (1974-78), Henryk Wojnarowski (1978-2016). W styczniu 2017 roku kierownictwo objął Bartosz Michałowski.
Głównym nurtem działalności artystycznej zespołu jest udział w koncertach symfonicznych i oratoryjnych z Orkiestrą Filharmonii Narodowej oraz a cappella na macierzystej estradzie. Chór występuje tu wielokrotnie w każdym sezonie, regularnie bierze udział w Międzynarodowym Festiwalu Muzyki Współczesnej „Warszawska Jesień”, Międzynarodowym Festiwalu Wratislavia Cantans, Międzynarodowym Festiwalu Muzyki Europy Środkowo-Wschodniej Eufonie oraz Wielkanocnym Festiwalu Ludwiga van Beethovena.
Chór Filharmonii Narodowej prowadzi intensywną działalność artystyczną na arenie międzynarodowej. Koncertował w Austrii, Belgii, Danii, Finlandii, Grecji, Hiszpanii, Islandii, Izraelu, Niemczech, Rosji, Szwajcarii, Turcji, na Litwie, Łotwie, we Francji i Włoszech, a w maju 2015 roku wraz z Orkiestrą Filharmonii Narodowej brał udział w tournée koncertowym po Wielkiej Brytanii. Zapraszany jest również na wspólne koncerty przez takie orkiestry, jak Berliner Philharmoniker, Münchner Philharmoniker, Rundfunk-Sinfonieorchester Berlin, Deutsches Symphonie-Orchester Berlin, Bamberger Symphoniker, orkiestry symfoniczne w Tel Awiwie i Jerozolimie, Orchestra dell’Accademia Nazionale di Santa Cecilia w Rzymie, Orchestre Symphonique de la Monnaie w Brukseli, Orchestra Sinfonica Siciliana w Palermo, Orchestra del Teatro alla Scala w Mediolanie.
Pierwszy występ Chóru na scenie operowej zaowocował kolejnymi zaproszeniami: do Mediolanu – La Scala (1989 – Oberon Webera, 1990 – Fidelio Beethovena), Wenecji – La Fenice (1986 – Żywot rozpustnika Strawińskiego, 1987 – Czarodziejski flet Mozarta), Paryża (1989 – Fidelio Beethovena), Palermo (1992 – Król Roger Szymanowskiego, 1993 – Król Edyp Strawińskiego, Antygona Honeggera) oraz Pesaro (1994 – Włoszka w Algierze Rossiniego). W latach 1988, 1990 i 2001 Chór brał udział w uroczystych koncertach organizowanych dla Jana Pawła II w Watykanie.
Zespołem dyrygowali wybitni polscy i zagraniczni mistrzowie batuty oraz kompozytorzy – Moshe Atzmon, Gary Bertini, Andrzej Boreyko, Sergiu Comissiona, Henryk Czyż, Charles Dutoit, Vladimir Fedoseyev, sir Charles Groves, Jacek Kaspszyk, Kazimierz Kord, Helmut Koch, Ton Koopman, Jan Krenz, Witold Lutosławski, Lorin Maazel, Jerzy Maksymiuk, Igor Markevitch, Andrzej Markowski, Kurt Masur, Zubin Mehta, Grzegorz Nowak, Seiji Ozawa, Krzysztof Penderecki, Zoltán Peskó, sir Simon Rattle, Wolfgang Rennert, Helmuth Rilling, Ljubomir Romansky, Witold Rowicki, Hanns-Martin Schneidt, Jerzy Semkow, David Shallon, Giuseppe Sinopoli, Stanisław Skrowaczewski, Leopold Stokowski, Igor Strawiński, Tadeusz Strugała, Stanisław Wisłocki, Antoni Wit i Bohdan Wodiczko.
Ogromny repertuar Chóru Filharmonii Narodowej obejmuje kilkaset dzieł oratoryjnych i utworów a cappella różnych epok – od średniowiecza do współczesności. Szczególne miejsce zajmuje w nim muzyka polska, a zwłaszcza twórczość Krzysztofa Pendereckiego. Zespół wykonuje i nagrywa wszystkie jego dzieła oratoryjne i a cappella. W lutym 2017 roku pierwsza płyta z cyklu Penderecki conducts Penderecki (Dies illa, Psalmy Dawida i Hymny do św. Daniiła i Wojciecha) otrzymała prestiżową nagrodę Grammy w kategorii Best Choral Performance. Pięć wcześniejszych nagrań uzyskało nominacje do tej nagrody: Pasja według św. Łukasza (dwukrotnie, 1991 – pod dyrekcją kompozytora, 2004 – pod dyrekcją Antoniego Wita), Polskie Requiem (2005), VII Symfonia „Siedem bram Jerozolimy” (2007), Jutrznia (2009). Nominowano także płytę z dziełami Karola Szymanowskiego Stabat Mater, Demeter i Veni Creator (2008). Nagranie Polskiego Requiem otrzymało też Record Academy Award 2005 (przyznawaną przez japoński magazyn „Record Geijutsu”). W kwietniu 2009 roku pierwszą płytę z mszami Stanisława Moniuszki (DUX) nagrodzono Fryderykiem w kategorii Album Roku – Muzyka Chóralna i Oratoryjna.
W maju 2010 roku druga płyta została wyróżniona przez francuską Académie du Disque Lyrique Złotym Orfeuszem – Arturo Toscanini w kategorii Najlepsza inicjatywa fonograficzna, za jaką uznano promocję twórczości Stanisława Moniuszki. Obie płyty stanowią jedyne na rynku światowym nagranie wszystkich mszy kompozytora. W marcu 2011 roku Chór otrzymał statuetkę Fryderyk za pochodzące z 1989 roku nagranie Requiem. Missa pro defunctis Romana Maciejewskiego, wydane ponownie w nowej szacie graficznej w 2010 roku z okazji 100. rocznicy urodzin kompozytora. Kolejne dwa Fryderyki Zespół otrzymał za nagrania dzieł Karola Szymanowskiego: w 2018 roku – za album z Litanią do Maryi Panny, Stabat Mater i III Symfonią „Pieśń o nocy” (wraz z Orkiestrą Filharmonii Narodowej pod batutą Jacka Kaspszyka), a w 2020 roku – za nagranie opery Hagith (wraz z Polską Orkiestrą Radiową pod dyrekcją Michała Klauzy). W 2018 roku wziął udział w nagraniu monumentalnego zbioru 100 na 100. Muzyczne dekady wolności, opublikowanego przez Polskie Wydawnictwo Muzyczne, prezentującego 100 dzieł polskich kompozytorów z lat 1918–2019. Zespół zarejestrował dzieła Romana Padlewskiego, Juliusza Łuciuka i Romualda Twardowskiego, a do kolekcji dołączono wcześniejsze nagrania utworów Szymanowskiego (cały zbiór również uhonorowano Fryderykiem w roku 2020).
W dorobku płytowym Chóru znajdują się także kolędy (nagranie DVD oraz CD) oraz m.in. Mesjasz, Izrael w Egipcie i Juda Machabeusz Händla, Requiem Mozarta, Fidelio i IX Symfonia Beethovena, Requiem Verdiego, Petite messe solennelle Rossiniego (która otrzymała nominację do ICMA), Potępienie Fausta Berlioza, Te Deum Brucknera, Pasja Elsnera, VIII Symfonia Mahlera, Litanie ostrobramskie Moniuszki, Msze Maklakiewicza, Sceny z „Fausta” Goethego Schumanna, Norma Belliniego, Holender tułacz Wagnera, Missa pro pace Kilara, Ein deutches Requiem Brahmsa, Requiem Dvořáka, Libera me Kanczelego i VIII Symfonia „Kwiaty polskie” Wajnberga. Zespół uczestniczył również w nagraniu opery sakralnej Mojżesz Antona Rubinsteina (dyr. Michaił Jurowski). Płyta była światową premierą fonograficzną (2018). W kwietniu 2024 roku została wydana kolejna płyta – Paweł Łukaszewski. The Adoration, na której Chór pod dyrekcją Bartosza Michałowskiego zarejestrował utwory a cappella polskiego kompozytora.
W 2023 roku Chór Filharmonii Narodowej obchodził 70-lecie działalności artystycznej.
[2024]